Bienvenue sur la page consacrée à l’Action Nationale de Formation intitulée « Bonnes Pratiques de développement en R » !
Sur cette page, vous trouverez toutes les informations concernant cette action.
Si toutefois, vous n’y trouvez pas réponse à votre question, n’hésitez à nous contacter : Stefan Gaget et Cécile Lecoeur
SOUTIENS
Cette formation est organisée conjointement par les réseaux DevLog et RIS.
Elle est financée par le Service Formation et Itinéraires Professionnels (SFIP) du CNRS.
Elle est soutenue par la Plateforme des Réseaux de la Mission pour les Initiatives Transverses et Interdisciplinaires (MITI) du CNRS et le Service Formation de la Délégation Hauts-de-France du CNRS.
DATES & LIEU
Du mardi 18 juin 2024 à partir de 9h jusqu’au jeudi 20 juin 2024 à 12h30.
Institut de Biologie de Lille (IBL)
Salle du Rez-de-Chaussée
1 rue du Professeur Calmette
59000 Lille
L’IBL se trouve sur le campus de l’Institut Pasteur.
Métro ligne 2 , arrêt « Lille Grand Palais » à proximité
15-20 minutes à pied depuis les gares « Lille Flandres » et « Lille Europe ».
OBJECTIFS
Cette formation a pour but de sensibiliser à l’intérêt d’écrire un code informatique de qualité en termes de fiabilité, robustesse, adaptabilité et reproductibilité. Les participants seront formés aux bonnes pratiques de développement, dans le langage R en particulier. Et ils seront initiés aux méthodes et aux outils (dont certains sont spécifiques à R) leur permettant de réaliser des développements selon les standards de qualité comme définis plus haut.
A l’issue de la formation, les participants seront capables de :
– appliquer les bonnes pratiques de développement
– mettre en œuvre le processus de développement d’une librairie (ou package) R
– mettre en place du versionnement
– mettre en place du test de code et un environnement d’intégration continue
– utiliser des outils pour assurer la reproductibilité
– publier un package R (dépôt CRAN, forge Git)
PROGRAMME
- Définition des bonnes pratiques de développement
- Processus pour développer un package R
- Versionnement avec Git
- Test de code et mise en en place d’un environnement d’intégration continue
- Programmation lettrée pour la reproductibilité
- Processus de publication d’un package R (dépôt CRAN, forge Git)
INTERVENANTS
Florent Chuffart (Institut des Biosciences Avancées, Grenoble) : Ingénieur de recherche à l’Inserm, Florent se consacre principalement à une activité de recherche fondamentale et translationnelle qui vise à comprendre les mécanismes moléculaires de la programmation du génome. En plus de ses activités de recherche, Florent dispense des formations en biostatistiques et en informatique scientifique. Ces formations s’adressent aux biologistes de l’institut, aux étudiants de l’UFR de mathématiques de l’Université de Grenoble Alpes, ainsi qu’aux personnels du CNRS, via la cellule de formation de sa délégation régionale.
Ghislain Durif (Laboratoire de Biologie et Modélisation de la cellule, UMR 5239, ENS de Lyon) : Ingénieur de recherche au CNRS, Ghislain travaille principalement sur des thématiques de statistiques et machine learning appliqués à la biologie, avec une importante activité de développement logiciel. Il est auteur ou contributeur de plusieurs packages R.
Frédéric Santos (De la Préhistoire à l’Actuel : Culture, Environnement et Anthropologie, UMR 5199, Bordeaux) : Ingénieur d’études en statistique, Frédéric est également formateur R, et auteur de plusieurs packages R destinés aux sciences archéologiques.
PRE-REQUIS & MODALITES
Cette formation est orientée R et inclut des présentations et de la mise en pratique.
Les participants devront donc être familiers avec le langage R et l’environnement RStudio.
Afin de suivre les sessions pratiques, les participants devront venir avec un ordinateur pouvant se connecter à un réseau Wifi. Une liste de packages R à installer sera communiquée en amont de la formation.
Le nombre de participants est limité à 16 pour permettre un encadrement optimal en particulier lors des sessions pratiques. Une sélection des participants sera réalisée parmi les préinscrits si nécessaire.
Les participants non-CNRS sont acceptés mais ils devront s’acquitter de frais d’inscription de 200 €.
Les préinscriptions sont ouvertes jusqu’au 31 mars 2024. Les réponses seront communiquées aux candidats la première quinzaine d’avril.
PLAQUETTE
FORMULAIRE DE PREINSCRIPTION
Vos données personnelles seront accessibles aux membres du comité d’organisation et de programme de l’ANF.
Elles seront conservées pendant 1 an maximum et pourront être utilisées pour vous recontacter à des fins d’évaluation à froid de la formation.
Certaines données personnelles ne sont pas obligatoires, elles sont toutefois utiles pour mieux connaître votre pratique en lien avec la formation. Les autres données sont nécessaires pour sélectionner les participants si besoin et pour le traitement des inscriptions.
Conformément à la loi « informatique et libertés » et à la RGPD, vous pouvez exercer vos droits d’accès, de modifications, d’opposition en vous adressant à :
Stefan Gaget et Cécile Lecoeur
Les pré-inscriptions sont maintenant closes.